全国感染人数总体趋于回落，但是，东京首都圈的感染人数，出现了新的增加趋势。
目前，据数据显示，日本已接种新冠疫苗超过万剂，约万人完成两剂接种。日本政府6月12日公布称，目前的疫苗接种速度是平均一天注射70万剂，全国万名65岁以上的老年人已有三成注射了第一剂。日本首相菅义伟9日表示，希望在10月到11月为全部有意接种者完成接种。
据日本厚生劳动省10日发表的最新统计，截至本月4日，日本有人在接种辉瑞新冠疫苗后死亡。不过，日本政府尚未确认死亡案例和接种疫苗有直接因果关系。
5月末，日本兵库县神户市一位73岁老妇接种疫苗几小时后突然死亡。他的丈夫近日接受日媒采访时，认为是疫苗导致了妻子的去世，并希望能获悉其真正的死因。
“完全没有心理准备，就很突然。这是最痛苦的，真的。”死者丈夫称，5月28日，妻子在他的陪医院接种了辉瑞疫苗。妻子有糖尿病，已患病15年，接种当天身体都很正常。下午4点半左右接种疫苗后，在医院呆了30分钟就回家了。“晚上7点半，看电视的时候她说胸口疼，先去休息了。这就是她最后的话。”
这名老妇在接种当天晚上，呼吸慌乱，身体状况急剧恶化，医院时已处于心肺功能停止状态，晚上8点左右去世。也就是说，接种疫苗后仅3个半小时内，突然死亡。死者丈夫说：“如果说身体哪里恶化了我还能理解，想想看，就算按排除法来算，也只有疫苗的事了。”
厚生劳动省对人接种后产生的疫苗副作用进行分析后称“无法评价（死亡）和接种的因果关系”。因为大部分遗属不希望进行解剖，无法做详细检查，或者即使解剖，也很难获悉特定的因果关系。
另外据厚生劳动省的消息称，医疗机构的报告显示，到5月30日为止，日本接受了辉瑞新冠疫苗接种的万人口中，有20-60几岁7名男女引发了心肌炎和心包炎等心脏疾病，其中6人为男性，在第二次接种后出现症状。美国也有少数人在注射mRNA疫苗后引发心肌炎，其中注射了两次疫苗的16岁以上男性占多数。
几个月来，日本疫苗接种失误不断，还出现过：一人被打三针疫苗、一人同一天被打两剂疫苗、两剂疫苗接种间隔被搞错、注射未经稀释的疫苗原液、打空针、误把生理盐水当成疫苗接种、注射浓度不足的疫苗等。
因为扩大疫苗接种范围的政策拟定的过于紧急，医院当前并没有足够的医护人员去组织新冠疫苗的接种工作，但为了在规定时间内完成首相的命令，医院竟然想出“奇招”，将实习医生和牙医都算在了疫苗注射医护人员的范畴，这也就表明他们并不具备太专业的能力来帮助日本居民接种，因此在接种工作中少不了因慌乱而带来的一系列问题。
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