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本病的发病机理是由于感染了球虫和细菌等病，引起小肠黏膜发炎，导致肠壁出现肿胀、增厚、出血等表现，继而引起大量的黏膜上皮细胞崩解、脱落、坏死，使肠道的腺体分泌和吸收功能下降，引起营养缺乏、饲料转化率降低、生长速度下降；
另一方面，因为球虫等病原的大量繁殖可引起肠道炎症，使黏膜上皮细胞崩解脱落，同时也消耗了养分而造成皮下厌氧环境，使随饲料进入的魏氏梭菌等厌氧菌感染加快，繁殖能力增强，同时产生了大量的外毒素，进一步引起肠道发生损伤，并引起中毒；
另外，由于大肠杆菌等肠道菌和病毒的继发感染，使毒素产生增加，从而导致病鸡出现兴奋、疯跑、中毒加深，继而引起精神沉郁、昏迷、瘫痪、头颈震颤等神经症状。
■治疗几个误区
误区一：强制性止泻
很多鸡病都能引起腹泻，肠毒综合征更是如此，发生肠毒综合征后病鸡通常排黄色、暗红色、褐色糖稀样的粪便，很多兽医工作者的第一反应通常是立即用药止泻，仿佛止泻成功与否决定了治疗的成败，但是肠毒综合征死亡率高的原因不在于腹泻，而是自体中毒，因此如果强制止泻反而加剧了自体中毒，死亡率会不降反升，或者是投药数天后效果不佳，按照中兽医上所说的，发生肠毒综合征应该是引导排毒，而不是一味止泻。
误区二：早期用猛药在肠毒综合征发现的早期，人们往往像对待其它传染病一样，抓紧时间下猛药治疗，但结果往往是用药后死亡率立刻显现，并且治疗两个疗程以上才有所减轻，为什么？原因很简单，革兰氏阴性菌在肠道大量繁殖，可导致肠道消化功能紊乱，使球虫繁殖释放大量有害物质，再加上使用大剂量抗生素治疗后，革兰氏阴性菌死亡解体释放的超剂量内毒素，可引起机体调节系统紊乱甚至休克死亡。
误区三：治疗时用多种维生素临床一线兽医都知道，多种维生素可以补充营养、增强机体抵抗力。但是当鸡子一旦患上肠毒综合征时，要禁止大量或超剂量使用多维；不仅如此，大肠杆菌、沙门氏菌及其它致病菌引起的消化道也不能大量使用多维。因为发生肠毒综合征时，肠道功能已经紊乱，会造成营养吸收障碍，有害的物质却没少吸收。同时饲料在消化道内和脱落的肠黏膜混合在一起，导致细菌大量繁殖，此时如果大量使用多种维生素，一则是吸收不了，二则是过多增加了肠内容物的营养水平，反而利于有害菌生产与繁殖，对整体治疗效果不利。
误区四：拌料给药发生肠毒综合征时，会致使鸡子不断勾料（把料筒的料勾到地上）；再加上鸡只发病后采食量会出现不同程度的下降，如果此时拌料给药，就会导致饲料被大多数健康鸡和症状轻微的鸡吃了，病鸡没食欲，或者吃的很少，达不到整体治疗效果，不能产生应有的大群疗效。